在患者血清、糞便及食物中發現毒素或食物、糞中培養出肉毒桿菌，即可確認傳統型肉毒桿菌症。傷型肉毒桿菌可由血清中含有毒素或傷口處培養出陽性菌株來確認。僅在可疑之食品中培養出此菌是有幫助，但沒有確認價值，因為此菌之孢子普遍存在，由食品中檢出毒素較有意義。若是在患者所吃的食物中培養出此菌，就有診斷價值,大陸抓姦。確認嬰兒肉毒桿菌症可由患者之糞便或解剖之檢體找出肉毒桿菌或其毒素。通常，在患者之血清中檢出毒素之機會不多，使用電肌儀對臨床診斷亦有幫助。
傳統型肉毒桿菌症為一種很嚴重的中毒，來自攝食已受肉毒桿菌污染食物中已形成之毒素，肉毒桿菌注射此病之特徵主要與神經系統有關。最初不舒服之處為視覺障礙（視覺模糊或複視），咽物困難及口乾。之後，活潑的人也漸漸地有弛緩性麻痺之現象,室內裝修，嘔吐和便秘或下痢也會出現，嚴肉毒桿菌注射重時會因窒息而死亡。若無並發性感染時，此病無發燒之現象。假若給予好的呼吸系統照顧及抗毒素治療，死亡率可能低於15％，然而復原慢（幾個月，極少數會拖幾年）。
肉毒桿菌中毒有三種型式，(1)傳統型，(2)嬰兒肉毒桿菌症，此種疾病於1976年被確定,LED日光燈，及肉毒桿菌注射(3)創傷型肉毒桿菌症，係因此菌於傷口內增殖而引起。
且腸道菌叢亦未發展完全，才會受影響。成人若有腸道手術腸道微生物叢改變時才會受影響。症狀從便秘開始，昏睡、倦怠、食慾不振、眼瞼下垂、咽物困難、失去頭部控制、低肌張及全身性虛弱，有時會發展至呼吸衰弱而死亡。此症有很廣泛的特徵及嚴重程度，從輕微至突然死亡。嬰兒猝死症中此病約佔5％,液態拉皮。於良好的醫療照顧下，死亡率約2％，否則死亡率相當高。
創傷型肉毒桿菌症較少見，症狀與傳統型相同，發生之來源為傷口深處受到肉毒桿菌污染，在無氧情形下，產生毒素所引致。 嬰兒肉毒桿菌症係因此菌在腸內增殖並產生毒素。 1歲以下之嬰兒，因免疫系統尚未健全，
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